Церковь на Руси всегда играла важную роль. Значение церкви в XIV в. заключалось в том, что она объединяла всех одной верой, звала к покаянию и подвигу, напоминала о былом величии Руси и тем самым призывала к борьбе за национальное освобождение. Церковь поддерживала объединительную политику московских князей, она вселяла веру в то, что православная Русь сможет жить, помогая себе сама, без опоры на чужеземцев.
Большим влиянием на Руси пользовались монастыри. По словам Л.Н. Гумилева, «эффективность их духовной экспансии была огромна». Они были подлинными творцами духовной жизни страны и культуры. Здесь работали зодчие, «иконики», книгописцы. Монастыри выполняли функции школы, больницы, библиотеки. Примерно с середины XIV в. они стали превращаться в крупных земельных собственников. Монахи собирали с крестьян оброки, занимались торговлей, ростовщичеством. Огромные земельные богатства позволяли церкви участвовать в политической жизни страны.
В XV в. решалась задача независимости русской церкви от константинопольского патриарха и борьбы с угрозой проникновения на Русь католичества. Дело в том, что на Вселенском соборе во Флоренции была заключена уния между православной и католической церквами под главенством римского папы. Митрополит Руси Исидор, ставленник константинопольского патриарха, унию активно поддержал. Московское духовенство и светские власти сочли ошибочными уступки в пользу «латинства». Исидор был взят под стражу и заточен в Чудов монастырь (позже он бежал в Рим). В 1448 г. собор русских епископов избрал нового митрополита — рязанского епископа Иону, поддержанного' московским князем Василием II. С этого времени Русская православная церковь становится автокефальной. Вот как эту ситуацию охарактеризовал П.Н Милюков: «Эта эмансипация была совершена при прямом содействии государственной власти, в прямых интересах великого князя московского. Национальное возвеличение русской церкви было делом столько же духовным, сколько и политическим».
Еще в XIV в. на Руси появились еретические движения. Церковь решительно выступала против еретиков, неоднократно осуждала их на церковных соборах. Разоблачение еретиков на соборе 1503 г. закончилось их сожжением на костре, хотя в целом нетерпимость к инакомыслию не приобрела в Московии такого размаха, как в католических странах Европы.
В конце XV в. церковь была занята спорами, касавшимися не только ересей, но и ее отношения к власти, к собственности. В целом, несмотря на постоянное вмешательство государей в дела московской митрополии, церковь оставалась вполне самостоятельной духовной и политической силой. «Она поддерживала великокняжескую власть в деле собирания земель, помогла обуздать своеволие удельных правителей, но не была готова поступиться собственными традиционными привилегиями ради упрочения материальной основы цивилизации». Митрополиты отстаивали неприкосновенность церковного имущества. Спор о церковной собственности, затянувшийся почти на сто лет, вылился в направления «иосифлянства» и «нестяжательства». В этом, казалось бы, сугубо религиозном споре нашла отражение борьба в обществе по поводу путей развития.
Во главе иосифлян стоял настоятель подмосковного Волоколамского монастыря Иосиф Волоцкий (Иван Санин). Он собирался реформировать монашество, сохранив зажиточные, процветающие монастыри, видя в их богатстве средство благотворительности и милосердия. Иосифляне отстаивали идею единства церкви и государства. При Василии III они провозгласили великого князя наместником Бога на земле, единодержавным властителем.
Монах Кирилло-Белозерского монастыря Нил Сорский настаивал на необходимости строгого использования церковных правил и обрядов, проповедовал аскетический образ жизни и отказ от мирских удовольствий. Нищета, в его глазах, была верным путем для достижения идеала духовной жизни. На церковном соборе 1503 г. сторонники Нила Сорского, прозванные нестяжателями, протестуя против крупного монастырского землевладения («не достоин чернецем сел имети»), настаивали на раздаче церковной собственности нищим. Здесь уместно заметить, что в основной своей массе черное духовенство оказалось глухо к проповедям Нила Сорского. Что же касается Иосифа Волоцкого и Нила Сорского, то они искали средства для внутреннего очищения церкви, однако затронутый ими вопрос о монастырском землевладении имел не только церковное, но и государственное значение.
Церковные вотчины были велики и богаты. А великим князьям эти земли были нужны для раздачи в условное держание. Это прекрасно понимал Иван III. Его взаимоотношения с церковью были сложными. Поначалу он поддерживал нестяжателей, стремясь использовать церковные земли для укрепления поместной системы, и на церковном соборе 1503 г. поставил вопрос об отказе церкви от землевладения. В конечном же счете Иван III поддержал иосифлян. Власть и церковь сошлись на частичной секуляризации (обмирщении) церковных земель бывшей Новгородской республики.
Однако светская власть притязала не только на имущество церкви, участие в выборе митрополитов и назначение епископов. Иван III пытался вмешиваться и в чисто церковные дела. Нужно учитывать то, что все участники политической борьбы XV—XVI вв. были искренне верующими людьми, что придавало особое значение позиции церкви.
В середине XVI в. государство вновь начинает наступать на церковные владения. Осенью 1550 г. между Иваном IV и митрополитом Макарием была достигнута договоренность: монастырям запретили основывать новые слободы в городах, а в старых слободах ставить новые дворы. В феврале 1551 г. по инициативе царя, уделявшего большое внимание взаимоотношениям с духовенством, был созван церковный собор, названный Стоглавым (по числу глав — решений).
По решению Стоглавого собора прекратилась царская помощь монастырям, имеющим владения, не разрешалось давать деньги «в рост» из монастырской казны и хлеб под проценты, была запрещена покупка монастырями вотчинных земель без разрешения царя. С большинства церковных земель стали взимать государственные налоги. Таким образом, церковь хотя и сохранила большие земельные владения, но их дальнейшее увеличение ставилось под контроль светской власти.
Одновременно с этим Стоглавый собор провел важные преобразования во внутренней жизни церкви: был утвержден пантеон общерусских святых, который должен был символизировать объединение русского народа в рамках национального государства; унифицирован ряд церковных обрядов; приняты меры по повышению нравственности духовных лиц. Собор запретил монахам употреблять водку, разрешил пить квас и виноградные вина, предписал старшим священникам следить за тем, чтобы рядовые священнослужители «не билися и не лаялися и не сквернословили и пияни бы в церковь и во святой алтарь не входили, и до кровопролития не билися».
После покорения Казанского ханства и других восточных территорий началась христианизация завоеванных областей. Хотя это не было «государственным заказом», царь поощрял добровольный переход бывших ханских подданных, особенно поступавших на государственную службу, в православие. Поначалу, правда, церковь была настроена очень агрессивно. Митрополит Макарий в начале 1550-х гг. призывал к крестовым походам против «безбожных агарян», «клятвопреступных, проклятых безбожников — казанских татар». При завоевании Казани уничтожались мечети, хан и другие знатные татары были увезены в центр Московского государства и крещены, а тех, кто сопротивлялся, топили. Однако после 1555 г. принуждения в крещении не допускалось.
В XIV—XV вв. жили подвижники Сергий Радонежский, Кирилл Белозерский, Павел Обнорский, Ферапонг Белозерский и др., это была эпоха расцвета «святости», когда родился образ-понятие «Святая Русь». В конце XV — начале XVI в. духовными вождями Руси были Иосиф Волоцкий и Нил Сорский. Иерархи церкви все больше влияли на политику Руси.
В XVI в. священнослужители, с одной стороны, выступали против бесчинств и злодеяний опричнины, с другой — внесли свою лепту в создание политической теории самодержавия. Митрополит Макарий развивал мысль о божественном происхождении царской власти, эти же идеи разделял духовник Ивана IV Сильвестр.
Постепенно церковная корпорация увеличивала свой вес в разных сферах жизни общества, она все больше влияла на политику, экономику, социальные отношения, культуру, сохраняя свое значение духовного центра общества.
Установление патриаршества на Руси в 1589 г. повысило ее международный авторитет. Первым русским патриархом был избран на церковном соборе московский митрополит Иов. Все это означало, что русская церковь стала самостоятельной не только фактически, но и юридически. Она все больше приобретала национально-государственный характер. Тесная связь церкви и государственных органов была полезна и для государства, и для консолидации населения вокруг государственной идеи. Объединительная функция Русской православной церкви сыграла важнейшую роль в период тяжелейших исторических испытаний, выпавших на долю нашей страны в начале XVII в. — в период Великой Смуты.