В день смерти царя Фёдора Алексеевича на престол был посажен его младший брат Петр. Некоторые исследователи полагали, что такой была воля умершего, поскольку он понимал, что его средний брат Иван, достигший 16 лет, неспособен править (он болел цингой, имел плохое зрение и заикался). Петру было 10 лет, но пытливостью ума, живостью и отменным здоровьем он резко отличался от Ивана.
В последние годы жизни Фёдор постоянно интересовался воспитанием младшего брата, который, к тому же, был его крестником. Поэтому даже мать Петра – Наталья Кирилловна Нарышкина была снова приглашена ко двору.
Однако партия Милославских не могла смириться с потерей власти. Под ее давлением вторым царем был провозглашен царевич Иван. Для коронации братьев был даже заказан специальный трон с двумя сиденьями. Поскольку оба царя были малолетними, то правительницей при них считалась Наталья Кирилловна. Однако ей не удалось сформировать вокруг себя круг верных людей, способных крепко держать в руках власть. Этим и воспользовались ее недруги, умело направив недовольство стрельцов своим положением против нового правительства.
В последний год правления Фёдора Алексеевича в стрелецком войске начались волнения. Глава его князь Ю. А. Долгорукий был стар и болен и со всеми проблемами не мог разобраться. Поэтому полковники злоупотребляли своей властью и часто даже утаивали часть жалованья стрельцов. В итоге обиженные воины направили жалобу в правительство. Там с ситуацией никто не смог разобраться, и это спровоцировали массовое выступление стрельцов против «бояр-изменников».
15 мая Милославские распространили слух, что царь Иван задушен Нарышкиными. Это стало сигналом для стрелецкого бунта. В боевом порядке полки ворвались в Кремль. Из-за их криков и шума никто не мог понять суть дела. Чтобы усмирить восставших, на крыльцо вывели Петра и Ивана. Последний подтвердил, что никто над ним не издевается и что жаловаться ему не на кого. Это успокоило стрельцов, и они даже собрались расходиться. Но М. Ю. Долгорукий, считавший себя вместо отца начальником Стрелецкого приказа, стал в грубой форме ругать их. Те рассердились и набросились на князя. Убив его, они не пощадили и опытного государственного деятеля А. С. Матвеева и многих других. Убийства продолжались 16 и 17 мая. Последним был растерзан брат царицы И. К. Нарышкин. На этом стрелецкий мятеж закончился.
Милославские праздновали победу. Наталья Кирилловна была отстранена от дел. Ее место заняла дочь Алексея Михайловича Софья. Чтобы узаконить данный переворот первым царем был объявлен Иван, Петр же с матерью отошел на второй план. Во дворец второго царя стали приглашать только на дипломатические приемы.
Софья была шестым ребенком в многодетной семье царя Алексея. По понятиям своего времени она получила хорошее образование. Ее, как и братьев, обучали известные просветители – Симеон Полоцкий, Карион Истомин, Сильвестр Медведев. Она сама сочиняла вирши и участвовала в театральных постановках, очень любимых отцом. Круг ее общения был достаточно широк, поэтому вскоре она сблизилась с умным и образованным царедворцем князем В. В. Голицыным.
К моменту прихода к власти Софья уже была достаточно зрелой женщиной – 25 лет от роду (она родилась в 1657 г.). Сразу же по ее указу начались перестановки в правительстве. Его главой стал В. В. Голицын, И. А. Хованский получил под начало Стрелецкий приказ, Иноземный и Рейтарский приказы подчинил себе И. М. Милославский.
Вознесшие Софью на вершины власти стрельцы получили недоимки по жалованью и стали именоваться Надворной пехотой. На Красной площади поставили обелиск – столп, в честь их победы над изменниками. Однако среди победителей нашлись и такие, которые захотели диктовать свою волю новому правительству. Поскольку среди стрельцов было много тайных староверов, они стали требовать восстановления «старого благочестия».
5 июля в Грановитой палате был устроен диспут между церковными иерархами и староверами. В него попыталась вмешаться Софья, но ей посоветовали отправиться в монастырь. Становилось ясно, что стрельцы во главе с князьями Хованскими превращаются в грозную и необузданную силу.
Боясь расправы, Софья с родственниками покинула Москву. Сначала она отправилась в село Воздвиженское, потом – в Троице-Сергиев монастырь. Там ей удалось собрать дворянские полки. Хованские были казнены, а стрельцы 8 октября объявили о своей капитуляции. Столп на Красной площади был срыт, во главе Стрелецкого приказа был назначен Ф. Л. Шакловитый. Против раскольников вновь начались репрессии.
В благодарность за помощь Софья издала ряд указов в пользу дворян, касающиеся увеличения размера поместий и сыска беглых крестьян.
В. В. Голицын, став главой Посольского приказа, занялся дипломатическими делами. В это время Австрия и Польша заключили оборонительный союз против Турции и под Веной разгромили армию Кара-Мустафы. Это позволило польскому королю вернуть себе Правобережную Украину. В 1684 г. образовалась «Священная лига» против Турции, в которую пригласили вступить и Россию. Но русское правительство было заинтересовано в первую очередь в урегулировании отношений с Польшей, которая все еще отказывалась признавать присоединение Левобережной Украины к России. Под давлением Австрии в Андрусово вновь начались русско-польские переговоры. Они закончились подписанием в 1686 г. «Вечного мира» на условиях русской стороны. Левобережная Украина с Киевом закреплялись навечно за Русским государством. В то же время оно разрывало контакты с Крымом и Турцией и начинало с ними войну.
В 1687 г. 50-тысячная русская армия во главе с В. В. Голицыным выступила в первый Крымский поход. У реки Конские воды к ней присоединились гетман И. Самойлович и отряд Г. Касогова. Не встречая сопротивления, войску удалось продвинуться в приазовские степи. Но вскоре выяснилось, что местность выжжена, колодцев нет, продовольствие взять негде. Это заставило В. В. Голицына повернуть назад.
В феврале 1689 г. начался новый Крымский поход. На этот раз удалось достичь Перекопа. Но там навстречу русским полкам (общая численность не превышало 112 тыс. чел.) вышло 250-тысячное ханское войско. Начались кровопролитные бои, которые усугубила летняя жара. Это вновь заставило Голицына отступить без каких-либо видимых результатов.
Софья всячески стремилась упрочить свое положение. Она участвовала в официальных церемониях, принимала послов, с 1684 г. на монетах стали чеканить ее изображение, в 1686 г. она даже стала именоваться самодержицей. Показывая себя покровительницей науки и знаний, в 1687 г. она открыла Славяно-греко-латинскую академию – первое высшее учебное заведение в стране. (Следует отметить, что проект был разработан Фёдором Алексеевичем.) Сторонники правительницы стали уговаривать ее венчаться на царство. Но они не учли, что Петр уже вырос и был способен взять власть в свои руки.
В августе 1689 г. правительство Софьи пало. Сама она была арестована и заключена в Новодевичий монастырь.
Первое время положение узницы было сносным: ей разрешалось видеться с родственниками, иметь прислугу. Однако во время «Великого посольства» 1698 г. вновь началось волнение стрельцов. Петр заподозрил Софью в их подстрекательстве. Над ней был устроен суд. Хотя вина бывшей правительницы не была доказана, Софью постригли в монахини и заточили под строгой охраной в Новодевичий монастырь. В 1704 г. она скончалась, так и не прощенная братом.