Царь Алексей Михайлович постоянно уделял большое внимание религиозным вопросам. Вокруг царского духовника Стефана Вонифатьева сложился кружок «боголюбцев» или «духовных братьев». Членом его был и молодой монарх вместе с постельничим Фёдором Ртищевым, настоятелем Казанского собора Иваном Нероновым, игуменом Новоспасского монастыря Никоном и юрьевским протопопом Аввакумом. «Боголюбцы» стремились искоренять суеверия, укреплять правовые нормы в церковной жизни, распространять богослужебные книги и пропагандировать грамотность и знания. По их инициативе активизирует свою деятельность Печатный двор, издавая не только богослужебные книги, но и учебники: «Азбуку», учебные «Часослов» и Псалтырь», «Грамматику» Мелетия Смотрицкого. Для сверки русских книг с греческими оригиналами был приглашен из Украины ученый монах Епифаний Славинецкий. По инициативе Вонифатьева на государевом дворе была открыта Греко-латинская школа. Ртищев создал школу в Андреевском монастыре. «Боголюбцы» попытались внести изменения в церковную службу. В нее стали включать проповеди, многогласие в пении заменили единогласием. Все это делалось для того, чтобы церковная служба становилась более понятной для рядовых прихожан.
Но нововведения и критика «боголюбцев» в адрес верховных иерархов привели к конфликту с патриархом Иосифом. После смерти последнего в 1653 г. новым патриархом по инициативе царя избирают Никона (в то время он уже был новгородским митрополитом). Очень скоро новый патриарх становится «собинным» другом Алексея Михайловича и начинает оказывать на монарха большое влияние. Еще будучи новгородским митрополитом Никон убедил царя дать согласие на перенесение в Москву мощей митрополита Филиппа Колычева, конфликтовавшего с Иваном Грозным, и даже написать за предка покаянное письмо. Этим царь как бы признавал правоту и главенство церкви.
Вскоре Никон добился того, что, как патриарх Филарет, он стал именоваться «Великим Государем». Его властолюбие, казалось, не знало границ. На церковном соборе 1655 г. он объявил русскому духовенству, что жить и вековать следует по греческому образцу.
Во время службы в Успенском соборе Никон снял с себя русский клобук и надел греческий. Он даже пытался ввести богослужение на греческом языке и киевский распев. Но это вызвало всеобщее возмущение. Некоторые современники даже стали подозревать, что Никон захотел стать вселенским патриархом.
Особенно негодовали по поводу нововведений патриарха простые люди. В 1654 г., когда по приказу Никона стали сжигаться старые иконы, в Москве вспыхнул «Чумной бунт» (в это время в городе была эпидемия чумы). Горожан поддержали некоторые представители духовенства, которые были недовольны исправлением богослужебных книг и нововведениями в обрядности. Главным борцом с «никонианскими реформами» стал бывший друг Никона протопоп Аввакум. Его последователи стали называться старообрядцами.
Возмущение самых широкий народных масс вызывало слишком чванливое поведение Никона. Себя он называл солнцем, а царя лишь луной, отражающей солнечные лучи. Выходы в свет он обставлял с небывалой пышностью, требовал беспрекословного подчинения даже от высшей знати, постоянного собственного славословия. Не знала границ и его алчность. Ради ее удовлетворения патриарх устраивал поборы со всего духовенства. От царя он добился передачи в его собственность больших земельных владений, рыбных промыслов на Каспии, соляных промыслов на Урале. Недалеко от Москвы патриарх устроил для себя пышную резиденцию под названием Новый Иерусалим. Возведенный в ней храмовый комплекс был похож на иерусалимский и поражал современников своими огромными размерами.
Первое время царь смотрел сквозь пальцы на поведение своего любимца, поскольку был занят войной с Речью Посполитой. Но постепенно разрыв становился неизбежным.
Окрыленный успехами на военных фронтах, Алексей Михайлович все больше и больше стал прибирать власть к своим рукам. Он полагал, что получил трон не только «по отечеству», но и в силу Божественного промысла, и поэтому считал себя помазанником Бога. Никаких посягательств на свою власть он терпеть не захотел. Никон же полагал, что «священство» выше «царства» и отводил себе роль пастыря, призванного поучать и наставлять царя.
Поводом для ссоры «Великих государей» стал весьма незначительный повод. Один из патриарших дворян получил тумак от окольничего Б. М. Хитрово, расчищавшего путь для прибывшего в Москву грузинского царя Теймураза в июле 1658 г. Обиженный пожаловался Никону, тот – царю. Но Алексей Михайлович не прореагировал на жалобу. Тогда во время церковной службы патриарх снял с себя облачение и заявил, что покидает свой пост.
О происшествии доложили Алексею Михайловичу, и он направил князя А. Н. Трубецкого, чтобы тот во всем разобрался. Это Никон счел для себя бесчестьем, поскольку ожидал, что к нему придет сам царь. Он покинул Москву и уехал в загородный Воскресенский монастырь. Но и туда к нему никто не приехал. Более того, вскоре пришло от царя письмо, в котором тот сообщал о своем решении избрать новым патриархом Павла.
Через год весной 1659 г. Никон появился на празднике «Хождение на осляти» и заявил, что только он имеет право в нем участвовать. Поведение бывшего патриарха разгневало царя, и он повелел выслать его подальше от столицы в Крестный монастырь на Белом море. Затем в 1660 г. он приказал собрать Освященный собор, чтобы лишить Никона архиерейства и избрать нового патриарха.
Однако некоторые знатоки церковного права, в частности Епифаний Славинецкий, заявили, что без согласия остальных патриархов все это делать нельзя. Тогда Алексей Михайлович решил уговорить Никона добровольно отречься от сана. Тот согласился при условии, что ему будет позволено поселиться в своей резиденции.
Чтобы разрешить конфликт царь позволил бывшему патриарху переехать в Новоиерусалимский монастырь, но повелел иерархам сочинить 25 вопросов по «делу Никона» для восточных патриархов, Никон же занялся письменной критикой всех начинаний царя. Наибольший гнев у него вызвало восстановление Монастырского приказа, который начал ведать всеми монастырскими землями и подчинил себе монастырские власти.
Ответ от вселенских патриархов пришел только в 1664 г. Они осудили Никона и приняли сторону Алексея Михайловича. Но царю и этого показалось мало – он попросил самих патриархов приехать в Москву на церковный собор. Приглашение приняли только Макарий и Паисий.
Узнав об этом, Никон решил опередить события и вновь сам появился в Кремле. Он надеялся, что царь встретится с ним. Но этого не произошло. Вновь его отправили в монастырь. Только 1 декабря 1666 г. бывшему патриарху было позволено приехать в Москву на церковный собор. Там уже были вселенские патриархи. Они осудили Никона за самовольное оставление патриаршего престола и распри с царем. По решению собора он был сослан в Ферапонтов монастырь без права переписки с кем-либо.
На соборе рассматривали не только «дело Никона», но и раскол в церкви, вызванный реформами. Патриархи поддержали нововведения и осудили старообрядчество. Против раскольников началась активная борьба. Их глава Аввакум из сибирской ссылки был направлен в Пустозерск, где его посадили в тюрьму.
Обстановка в стране складывалась тревожная. Бродячие проповедники предсказывали приход Антихриста и конец света. Монахи Соловецкого монастыря подняли восстание и оказали вооруженное сопротивление царским войскам. Они не желали принимать реформы Никона и называли их бесовскими. Все предвещало новые более крупные волнения.