Поляновский мирный договор между Россией и Речью Посполитой не разрешил всех противоречий между странами. Исконно русские земли (смоленские и северские города) все еще оставались под властью польского короля. Поэтому новый конфликт и новая борьба были неизбежны.
В конце XVI – первой половине XVII вв. участились столкновения украинской знати, казаков и крестьян с польской шляхтой. Борьба шла за земли предков, за сохранение православной веры, своего языка и обычаев. Опорой восставших стала Запорожская Сечь – поселение вольных казаков в районе днепровских порогов. Казаки были хорошо вооружены и закалены в боях со степняками, поэтому представляли собой грозное войско.
С 1648 г. освободительная борьба украинского народа приобрела широкие масштабы, во главе нее встал гетман Богдан Хмельницкий. Его войско смогло разгромить польские полки у реки Жёлтые воды (19 апреля 1648 г.), под Корсунем (17 мая), у Пилявец (сентябрь 1648 г.) Сокрушительный удар по армии короля Яна-Казимира был нанесен у города Зборов летом 1649 г. В итоге под властью Хмельницкого оказались Киевское, Брецлавское и Черниговское воеводства. До 1652 г. борьба шла с переменным успехом. В мае на Батогском поле войско Хмельницкого нанесло решающий удар по армии короля. Все Правобережье оказалось под властью украинского гетмана.
Неоднократно Б. Хмельницкий слал послов к Алексею Михайловичу, просил о помощи и предлагал взять Украину под «свою царскую руку». Помощь из Москвы приходила регулярно, но вопрос о воссоединении двух стран царь предложил решить Земскому собору. 25 мая 1653 г. было решено разослать по всем городам грамоты о «неправдах» польского короля, побуждавших царя начать с ним войну. Собранный 1 октября Земский собор постановил принять гетмана Богдана Хмельницкого «под высокую царскую руку» и начать войну с Речью Посполитой. В Переяславле 8 января 1654 г. Рада объявила официально о воссоединении Украины с Россией. После этого украинское население было приведено к присяге царю.
С осени 1553 г. началась активная подготовка к новой войне. В Голландии было закуплено 20 тыс. мушкетов, 20 тыс. пудов пороха, 10 пудов различных боеприпасов, 4 тыс. шпаг, 1800 лат и сотни пистолетов. Было собрано дворянское ополчение, усиленное «даточными людьми». По всей стране стали собирать лошадей. Кузнецы и литейщики получили правительственные заказы на изготовление вооружения. Чтобы исключить местничество, вредящее общему делу, царь издал указ о том, что во время военных действий все будут считаться «без мест», т. е. служба фиксироваться не будет.
Согласно разработанному плану, первой целью русской армии должен был стать Смоленск. Во главе полков встал сам Алексей Михайлович. 2 февраля «наряд» (артиллерию) отправили в Вязьму, 15 марта был устроен смотр рейтарских и солдатских полков. Поход основного войска начался в начале мая.
Уже 4 июня был взят Дорогобуж, 22 июня русская армия вступила на территорию Речи Посполитой. Посланным вперед полкам В. П. Шереметева удалось почти без боя взять Полоцк. Затем началась осада Смоленска. После нескольких мощных атак 23 августа 1654 г. гарнизон сдался. Это была большая победа русского оружия и главного полководца царя Алексея. Наконец-то были возвращены утраченные в Смуту западные города.
Отпраздновав победу, царь вернулся в Москву, где зрело восстание, вызванное эпидемией чумы и нововведениями патриарха Никона по изменению церковных обрядов. Наибольшее возмущение народа вызывало публичное сожжение икон старого письма, всегда особо чтимых. Поняв, что быстро разрешить возникший конфликт нельзя, царь решил продолжить военную кампанию. Ведь 1654 г. был удачным – значительная часть Белоруссии покорилась русской армии. Это позволило царю включить в свой титул добавления: «всея Великия и Малыя и Белыя России самодержец».
В марте 1655 г. Алексей Михайлович отправился в действующую армию. В его отсутствие Б. Хмельницкий с русским полководцем князем А. Н. Трубецким успешно сражались с польскими войсками и двигались к Львову. Однако Яну-Казимиру удалось заключить союзнический договор с крымским ханом, который двинул орду на Украину. Это заставило русско-украинские полки отступить к Белой Церкви.
Основная царская армия шла к Минску. В этот время боярин В. П. Шереметев с сыном Матвеем успешно занимали один за другим небольшие белорусские городки. В июле 1655 г. передовым полкам Б. М. Хитрово удалось достичь цели и войти в Минск. Далее царь планировал взять Вильну и Варшаву. Успех сопутствовал русским воинам – 30 июля Вильна пала. В августе были захвачены Ковно и Гродно. Таким образом, в руках царя оказались основные белорусские города: Витебск, Борисов, Могилёв, Шклов, Велиж и др. Речь Посполитая оказалась в крайне тяжелом положении. Этим воспользовался шведский король Карл X и вскоре захватил Варшаву, Краков, Познань. Ян-Казимир бежал в Силезию.
В Москве атаки шведов расценили, как желание остановить успешное продвижение русских войск на Запад – к Балтийскому побережью, откры-вавшему торговые пути в европейские страны. Поэтому было решено замириться с польским королем, который никакой опасности теперь не представлял, и начать войну против шведов.
Весной 1656 г. русско-польское перемирие было подписано, хотя территориальный вопрос вызвал большие разногласия, с 15 мая русская армия, снова возглавляемая Алексеем Михайловичем, двинулась в Прибалтику. Уже 8 августа был взят первый город Динабург, затем пал Кукенойс (Кокнесс). К осени в руках русских воевод оказались Дерпт, Нейгаузен, Мариенбург, Ниеншанц, Нотебург. Не удалось взять только Ригу, поддерживаемую с моря шведским флотом.
Шведский поход царя Алексея был во многом похож на первые удачные Ливонские походы Ивана Грозного. Аналогичны были и его успехи. Но, как и у его предшественника, вскоре начались неудачи.
Русско-шведская война позволила Яну-Казимиру собраться с силами и прогнать шведов со своей территории. После смерти Богдана Хмельницкого (2 июля 1657 г.) украинским гетманом был провозглашен войсковой писарь Иван Выговский, который стремился к союзу с польским королем, а не с царем. В 1658 г. он принял польское подданство и объявил о переходе Украины под власть Речи Посполитой.
В этих условиях Алексей Михайлович принял решение заключить со Швецией перемирие. По его условиям за Россией закреплялся ряд завоеванных в Прибалтике территорий, в том числе и место постройки в будущем Петербурга. Правда, позднее по Кардисскому миру 1661 г. она лишилась этих земель.
Вскоре выяснилось, что на Украине многие жители не хотели вновь попасть под власть польских панов. На Раде в Переяславле новым гетманом был избран Юрий Хмельницкий, сына Богдана. Но тот не был ни выдающимся полководцем, ни опытным государственным деятелем. В 1660 г. под Чудиновым Юрий с царским воеводой В. Б. Шереметевым попали в окружение и были разгромлены. В итоге на Правобережной Украине была вновь восстановлена власть польского короля.
Изнурительная война за Украину закончилась в 1667 г. подписанием Андрусовского перемирия. По его условиям Россия возвращала себе Смоленск, Северскую землю и за ней закреплялась Левобережная Украина с Киевом. Это было большим достижением царя Алексея и русской армии. Наконец-то было покончено со всеми последствиями Смуты. Русское государство не только вернуло свои прежние владения, но и приняло в свой состав братский украинский народ.
Участь Правобережной Украины оказалась печальной. Слабостью Речи Посполитой воспользовался турецкий султан и занял ее. По Бахчисарайскому договору 1672 г. Турции отходила Подолия и близлежащие земли. Теперь для освобождения всего украинского народа предстояло сражаться с новым грозным противником. Но эту задачу стали решать уже преемники Алексея Михайловича.