В течение долгого времени наследником Грозного царя был его старший сын Иван, но в 1581 г. он умер от удара посохом, который в гневе нанес ему отец. После смерти Ивана IV царем стал второй его сын Федор, не способный к государственным делам. Третьему, младшему сыну Дмитрию был дан в удел город Углич, где в 1591 г. он погиб при загадочных обстоятельствах. При жизни Федора реальное управление страной оказалось в руках брата его жены, боярина Бориса Годунова. После смерти бездетного Федора в 1598 г. собрание представителей сословий — Земский собор избрал Бориса Годунова царем.
При Федоре Иоанновиче было ликвидировано разделение страны на две части и отстранены от власти думные дворяне Ивана IV. Боярская дума снова стала собранием представителей знати, но теперь знати служилой, зависимой от монарха. Когда знатные люди не имели военно-административных назначений, они должны были находиться в Москве и для посещения своих владений должны были получать разрешение у монарха. «Государев двор» снова стал единым, но в него по-прежнему входили только дети боярские исторического центра.
Государственная власть стремилась облегчить положение пострадавших от последствий хозяйственного разорения детей боярских. Так, в начале 90-х годов XVI в. была освобождена от уплаты налогов барская запашка, но положение оставалось сложным, так как страна лишь медленно восстанавливалась после войн и разорений предшествующих десятилетий. Для пополнения казны правительство проводило политику «посадского строения», включая в состав посадской общины жителей городских владений привилегированных светских и духовных землевладельцев.
Борис Годунов добился определенных успехов. В 1589 г. было учреждено патриаршество, что способствовало росту авторитета русской церкви в православном мире. В 1590—1592 гг. русское правительство вело войну со Швецией. По Тявзинскому миру 1595 г. удалось вернуть русские земли, потерянные в последние годы Ливонской войны. Используя выгодную международную ситуацию (крымский хан участвовал в войне на Балканах), Борис Годунов предпринял серьезные шаги для освоения «Дикого поля». Здесь началось строительство новых городов — Воронежа, Ливен, Белгорода и др. Заметно укрепились связи с народами Северного Кавказа и Закавказья. В Западной Сибири к концу XVI в. завершилась борьба со сторонниками хана Кучума, главным центром русской колонизации здесь стал Тобольск.
Особой проблемой для власти стали отношения с казацкими поселениями на южных окраинах России, появившимися в результате бегства на эти «дикие», неосвоенные земли недовольных своей жизнью крестьян. Власть пыталась использовать эти поселения в своих целях (в частности, для организации обороны от татарских набегов), но одновременно при благоприятных условиях стремилась подчинить их себе, что вызывало сопротивление казачества.