Итоги реформ 50-х годов не вызывали удовлетворения у молодого царя, который, по его собственным словам, «возрос на государстве» и которого отличало крайне высокое представление о своей власти. По его убеждению, власть государя должна была бытъ неограниченной, а подданные должны были беспрекословно повиноваться исходившим от него приказам. В преобразованиях 50-х годов он увидел угрозу ограничения своей власти. Сильвестр и Адашев, советовавшие проводить реформы, впали в немилость и подверглись опале. Чтобы укрепить свою власть, царь искал поддержки у тех бояр и детей боярских своего двора, которые были недовольны тем, что высокие должности являются достоянием узкой группы княжеских и боярских родов.
Зимой 1564/65 г. в России произошел своеобразный политический переворот. Демонстративно оставив трон, царь со своей казной и войском своих сторонников удалился на север от Москвы в Александрову слободу. Обвинив Боярскую думу и церковных иерархов в саботаже своей политики, Иван IV потребовал передачи ему всей полноты власти в государстве, когда он мог бы решать все вопросы, не считаясь с мнением традиционных советников. Боярская дума и епископы были вынуждены согласиться на его требования, и Иван IV приступил к установлению новых порядков. Страна была разделена на две части. Одна из них — «опричнина» — представляла особое владение царя, другая — «земщина» — оставалась под управлением Боярской думы. В опричнине были своя дума, свой «двор», свои органы управления, свое войско. Разделение страны сопровождалось разделением на две части и дворянского сословия. В опричнине могли жить только те бояре и дети боярские, в преданности которых царь был уверен. Они должны были поселиться на территории опричнины и получили особые права и привилегии, отличавшие их от остальной массы дворянства. В частности, все судебные дела судьи были обязаны решать в пользу опричников. Даже по своему внешнему виду опричники должны были отличаться от «земских» детей боярских.
Все бояре и дети боярские, которым царь отказал в доверии, должны были покинуть территорию опричнины и переселиться в земщину. Их поместья и вотчины отходили к царю, который должен был предоставить им в земщине компенсацию за утраченное, чаще всего это были условные владения — поместья. Для наделения переселенцев поместьями неоднократно отбирались вотчины у местных детей боярских. Контакты между двумя частями дворянского сословия резко ограничивались и даже запрещались. Опричники и «земские» не должны были разговаривать друг с другом. Опричник не мог даже навещать родителей в земщине.
Взятые в опричнину бояре и дети боярские, наделенные особыми правами, стали опорой политики Ивана IV, направленной на укрепление его власти. На устройство царского удела земщина должна была выдать 100 тыс. рублей. С течением времени царский удел расширялся, в него входили все новые территории. Опричной столицей царя стала Александрова слобода, превращенная в настоящую крепость.
Верхушка опричного «двора» образовала особое «братство», уклад жизни которого копировал правила жизни общежитийного монастыря, для которых было характерно всестороннее подчинение монахов власти игумена, каковым для членов братства был царь. Так Иван IV рассчитывал воспитать новую, во всем покорную его указаниям элиту.
Вопрос о том, какие слои дворянства были главным объектом опричной политики и какие цели преследовал создатель опричного режима, долгое время были предметом дискуссий. Лишь в недавнее время в исследованиях Р.Г. Скрынникова и А. П. Павлова была доказана правильность точки зрения С.Ф. Платонова, что наибольший ущерб политика Ивана IV нанесла княжеским родам потомков Рюрика, владевшим обширными землями на территории бывших княжеств. В 1565 г. Ростовские, Ярославские и Стародубские князья были сосланы в Казань, а Суздаль взят в опричнину. В 1566 г. царь вернул их из ссылки, но затем взял Ростов и Ярославль в опричнину, а у Стародубских князей родовые вотчины принудительно выкупали. К концу правления Ивана IV большая часть Верховских княжеств прекратила свое существование. В руках княжеской знати осталась лишь небольшая часть родовых земель.
Так были ослаблены те круги элиты дворянского сословия, которые ранее, опираясь на значительное родовое землевладение и обладая наследственным правом на высшие административные и военные должности, занимали наиболее самостоятельную позицию по отношению к власти. Раскол дворянского сословия на две части, постоянные перемещения значительных групп детей боярских и сопутствовавшие им смена владений и отношений собственности способствовали усилению зависимости дворянства от государственной власти.
Так как подобная политика наносила ущерб интересам многих сотен (если не тысяч) детей боярских — профессиональных воинов, привыкших владеть оружием, то неотъемлемой чертой установленного порядка стал террор, который должен был подавить возможную оппозицию. Правда, в первые годы опричнины царь временами был готов идти на уступки и привлекать бояр и детей боярских из земщины к решению важных политических вопросов. В 1566 г. царь не только вернул из ссылки сосланных князей, но и согласился принять на митрополичью кафедру Филиппа Колычева, возражавшего против учреждения опричнины. Он также созвал в 1566 г. детей боярских из земского «государева двора», представителей духовенства и московского купечества на земский собор, чтобы принять важное решение: заключить ли мир или вести войну с Великим княжеством Литовским. Дети боярские воспользовались созывом собора, чтобы подать коллективную челобитную об отмене опричнины, и после этого в отношении недовольных возобладали карательные меры.
При осуществлении переворота царь присвоил себе право единолично решать, кто является изменником и как его наказывать, и широко пользовался этим правом. Лица, которых царь считал своими противниками, рассматривались как «отступники» — враги не только царя, но и веры, поскольку они мешали единственному самостоятельному православному монарху выполнять миссию, возложенную на него Богом. По приказу царя таких людей казнили без суда и следствия члены его опричного братства, не давая исповедаться перед смертью, их запрещали хоронить на церковном кладбище и совершать по ним заупокойные службы. Имущество изменников конфисковывалось.
Особенно жестоким репрессиям подверглось в 1570 г. население Новгорода, обвиненное в том, что оно хотело перейти под власть польского короля. О них четко и лаконично говорит запись в Синодике Ивана IV: «По Малютине скаске — новгородцев отделал тысящу четыреста девяносто человек». Были сожжены даже находившиеся в городской округе усадьбы «изменников» с находившимися в них запасами хлеба и скотом.
Наряду с боярами и детьми боярскими объектом репрессий стало также духовенство. Выступавший против беззаконных казней и разделения страны митрополит Филипп (Колычев), публично увещевавший царя, в 1568 г. по требованию Ивана IV был низложен с кафедры, сослан, а затем и умерщвлен. Были убиты и многие другие духовные лица, как, например, игумен Псково-Печерского монастыря Корнилий. Во время разгрома Новгорода в 1570 г. царь наложил руку на имущество новгородских монастырей.
Постепенно, однако, царь стал разочаровываться в опричниках. В верхушке опричного «двора» шла острая борьба за власть, в которой главным орудием были доносы и обвинения в измене, что вело к опале, ссылке, казни некогда самых близких к царю лиц. Такая судьба постигла в 1570 г. выдающегося полководца, одного из организаторов опричного «двора» А.А. Басманова и опричного оружничего кн. Афанасия Вяземского, только из рук которого царь некогда принимал лекарства. Все это вызывало сомнения в верности, надежности новой, воспитывавшейся царем элиты.
В 1571 г., когда крымские татары предприняли поход на Москву, опричное войско не смогло ни дать отпор татарам, ни обеспечить надежную защиту выехавшему на театр военных действий царю.
То, что опричники были поставлены над правом, вело к их злоупотреблениям, насилиям над «земскими» людьми. Свое участие в карательных экспедициях опричники использовали для беззастенчивого грабежа и обогащения. Участвовавший в походе на Новгород немец-опричник Генрих Штаден отправился в поход с одной лошадью, а вернулся с 22 возами, полными всякого добра. Такие действия опричников стали сталкиваться с вооруженным отпором населения. Начиналась дезорганизация всей общественной жизни и дискредитация власти, так как злоупотребления и насилия совершались людьми, которых власть облекла особым доверием.
Осенью 1572 г. царь отменил разделение страны на две части, царский особый «удел» перестал существовать, специальным указом было запрещено даже упоминать об опричнине.
Однако возвращение к до-опричным порядкам продолжалось недолго. Править по-старому царь не мог, ему по-прежнему требовалась особая социальная опора для укрепления своей власти. Осенью 1575 г. страна снова была разделена на две части: особый «удел» царя, получивший теперь название «двора», и земщину. Неофициальной столицей двора стал г. Старица. Провозглашение нового порядка сопровождалось многочисленными казнями на Красной площади. Были казнены бояре, дети боярские, дьяки, настоятели Чудова и Симонова монастырей. Низложенного новгородского архиепископа Леонида, зашив в медвежью шкуру, травили собаками.
Снова начались массовые переселения детей боярских. Люди, которых царь считал преданными себе, селились на землях «двора», получая более значительные поместья и более значительное жалованье, чем те, кто остался в земщине. На «подъем» — снаряжение «дворового» войска — с земщины было взято 40 тыс. рублей. Щедро наделенные разными благами дети боярские особого «двора» должны были стать новой социальной опорой политики Ивана IV. Однако при этом царь не поставил их над правом, и потому годы существования «двора» не ознаменовались злоупотреблениями и насилиями, характерными для времени опричнины.
В последние годы опричнины, а затем в годы существования «двора» царь старался править, опираясь на группу людей незнатного происхождения, которых он включал в думу как «думных дворян». Позднее они приобрели большое влияние на управление всем государством. Среди них наиболее влиятельными и близкими к царю лицами был сын боярский из города Белой Мал юта Скуратов и его племянник Богдан Бельский. В исторической памяти народа Малюта Скуратов остался как главный царский палач, готовый по приказу Ивана IV убить его сына (песня о гневе Ивана IV на сына).
В конце жизни Иван IV приказал составить список казненных по его приказу людей и стал делать большие вклады в церкви и монастыри для совершения по ним заупокойных служб. Это, однако, никак не повлияло на установленный им порядок, сохранявшийся до самой смерти царя в 1584 г.