В первой половине XVI в. экономика России развивалась по восходящей. В это время Россия не вела разорительных войн — ни внешних, ни внутренних междоусобных. Большого напряжения сил в это время требовали лишь столкновения с татарами на южных и восточных рубежах.
В первой половине XVI в. намечается специализация районов на производстве одного вида товаров. Прежде всего это касается районов добычи соли и ловли рыбы на продажу. Солеварение развивается в Старой Руссе, Соли Вычегодской, Соли Камской, Соли Галичской, Костроме. Псковская земля определилась как центр льноводства, где складывалось товарное производство полоша и холста. Крупным центром выделки кож становятся Ярославль, металлообработки — Новгород. В конце XVI в. в нем насчитывалось свыше 230 мастеров, занятых обработкой железа. В это же время складывается и знаменитый железоделательный центр в Серпуховско-Тульском регионе.
Ремесленное производство было сконцентрировано в основном в городах. Наиболее крупными по численности населения городами в середине XVI в. были Москва (100 тыс. чел.), Новгород (около 25 тыс. чел.), Можайск (около 6 тыс. чел.), Коломна (3 тыс. чел.). Москва постепенно становится не только административным, но и экономическим центром государства.
Одновременно с городами растут и более мелкие торговоремесленные поселения — «посады», «рядки». Такие поселения зачастую имели свою специализацию. Впоследствии многие из них превратились в города. Начинает формироваться сеть мелких «торжков», располагавшихся при монастырях или в селах и слободах.
Основным товаром на внутреннем рынке был хлеб. В хлебной торговле принимали участие посадские люди, крестьяне, монастыри. Важными товарами были рыба и соль. На торговле солью специализировались северные монастыри — Соловецкий и Спасо-Прилуцкий, которые располагали в своих владениях источниками добычи соли.
Росту хозяйственных связей способствовали ярмарки, обычно организовывавшиеся в городах и при монастырях. Монастыри были заинтересованы в том, чтобы ярмарки проходили возле монастырских стен, поскольку таможенные доходы частично шли в их казну.
В середине XVI в. предпринимаются попытки упорядочить взимание различных пошлин, связанных с торговлей и провозом товаров. В эпоху раздробленности каждое из княжеств и земель имело свой порядок сбора торговых и проезжих пошлин. Теперь вводятся единые нормы и устанавливается понятие «государственного рубежа», единого для всей страны. Принимаются меры для предотвращения незаконного (беспошлинного) ввоза и вывоза товаров: «по рубежам литовскым, и по немецким, и по татарским заставы крепкие, и явка и мыт добре... бречи всего, и осматривати и беглых людей и заповедных товаров».
В XVI в. расцветает внешняя торговля, которая становится важнейшим государственным делом. После взятия Нарвы русскими войсками в 1558 г. она стала воротами, через которые русские товары шли в страны Западной Европы. Из России вывозились лен, конопля, сало, а ввозились свинец, сера, олово, медь, сукно.
Для привлечения иностранных купцов (а стало быть, и притока драгоценных металлов) русское правительство готово было пойти на большие уступки. В 1554 г. англичанин Ричард Ченслер в поисках пути на восток через северные моря прибыл в устье Северной Двины. Он был привезен в Москву и принят Иваном Грозным, провел несколько месяцев в столице. Эта экспедиция положила начало развитию непосредственных сношений между Россией и западными государствами. Город Архангельск в устье Северной Двины на полтора столетия стал средоточием внешней торговли России.
Иван Грозный питал большую симпатию к Англии, которая в силу своей отдаленности от России казалась ему дружественной страной. Английская торговая компания получила в России большие льготы: освобождение от уплаты пошлин, свободный проезд через русские земли на Восток, полное внутреннее самоуправление.
Расцвела и восточная внешняя торговля России. В Турцию вывозили меха, кожу, продукцию русских ювелиров. Оттуда везли шелк, жемчуг, пряности. Посредническую роль в этой торговле играл Крым. Другой восточный сосед России — Ногайская орда — поставляла огромное количество лошадей. Существовали связи со среднеазиатскими и закавказскими странами, хотя Казанское ханство препятствовало этим контактам.
Россия того времени знала и «вечные» экономические проблемы, с которыми сталкивается население: рост цен и рост налогов. На протяжении XVI в. цены на сельскохозяйственные и промысловые товары увеличились примерно в 3—4 раза. Это повышение происходило в несколько этапов: 20—30-е годы, вторая половина 50-х годов и самый конец 70-х — 80-е годы.
В конце XV столетия единицей налогообложения в России был определенный размер возделанной пашни. С середины XVI в. это так называемая «большая московская соха». В зависимости от количества «сох» у землевладельца, взимался основной государственный налог — дань.
После реформы местного управления в середине XVI в. крестьянское население стало платить оброк, который шел на оплату служилым людям. Кроме того, в состав основных государственных налогов входили «полоняничные деньги» (они шли на выкуп пленных), «посошная служба» (обеспечение военных походов) и «городовое дело» (ремонт и строительство городских укреплений).
С конца 1560-х годов в экономической жизни начинается спад. Ситуация 1570—1580-х годов обычно характеризуется как хозяйственный кризис. К середине 1580-х годов практически вся территория страны в той или иной степени «лежала в пусте». Убыль населения на 60—80% по разным районам страны означала и прекращение налоговых поступлений. Начало разорению было положено неурожаем 1570 г, а вскоре страну охватило сильное моровое поветрие. Это была одна из тех страшных эпидемий Средневековья, которые возникали примерно раз в 100 лет. Даже через 10 с лишним лет многие деревни, опустевшие в годы чумы, продолжали оставаться незаселенными. Опричные погромы и переделы земли также довершали разорение сельского населения.
Тяжелые последствия для социально-экономического положения страны имели события, связанные с Ливонской войной. На тех территориях, где велись военные действия, польско-литовские солдаты убивали крестьян и жгли деревни. С нуждами войны связан был и чрезвычайно быстрый рост налогов и поборов, которые стали невыносимым бременем для крестьян. С середины века до 70-х годов государственные оброки увеличились вдвое, а с начала 70-х до начала 80-х годов — еще на 80%. Стали ежегодно собираться чрезвычайные налоги — «полоняничные деньги», «пятинные деньги». На землях черносошных (государственных) крестьян была заведена так называемая «десятинная пашня»: каждый крестьянин должны был пахать 4 десятины земли на государя.
В правление царя Федора (1584—1598) наблюдается некоторое хозяйственное оживление. Часть крестьян, бежавших на окраины, возвращается на свои прежние места жительства, начинает отстраивать дворы, обрабатывать пашню. Но последовавшие затем события Смутного времени смели эти достижения правительства.