К середине IX в. относится образование в районе Хакасско-Минусинской котловины (Южная Сибирь) государства енисейских кыргызов — Кыргызского каганата. Енисейские кыргызы упоминаются в китайских источниках под именем «хагас» (к нему восходит совр. наименование «хакасы»). Этногенез кыргызов связывают с процессом тюркизации местного населения, говорившего на енисейских языках. Кыргызский каганат в IX в. включал Монголию, простирался на запад до Иртыша. Наряду с традиционным скотоводством у енисейских кыргызов были развиты пашенное ирригационное земледелие, ремесло (особенно изготовление изделий из местной железной руды), строились крепости, существовали иерархия государственных чинов, руническое письмо. В 1207 г. территория обитания енисейских кыргызов была завоевана Чингисханом.
Сибирское ханство. Сибирский удел Золотой Орды в XIV в. управлялся Шейбанидами (потомками одного из сыновей Джучи — Шейбана). К середине XV в. относится существование восточнее Урала татарского ханства с центром в районе Тюмени. К концу XV в. центр данного ханства переместился в г. Искер (Кашлык, Сибир), после чего оно стало называться Сибирским ханством. По мнению лингвистов, топоним «Сибирь» соотносится с обозначением в алтайских тюркских диалектах понятия «болотистой низины, поросшей кустарником». Власть в Сибирском ханстве в то время захватили представители тюркского рода Тайбугидов. Эти правители, не имея права на ханский трон, носили титул беков.
В XV в. Сибирское ханство занимало лесостепную зону Юго-Западной Сибири, где проживали тюркские племена, позднее сформировавшие этническую общность сибирских татар. Вассалами Сибирского ханства являлись угры Среднего Приобья и башкиры Зауралья. Угорские народы, остяки и вогулы (ханты и манси), создали племенные объединения предгосударственного типа. Самыми крупными из них были Кодское (остяки) и Пелымское (вогулы) княжества. Там проживало оседлое и полукочевое население, платившее ясак пушниной сибирским ханам. Основой хозяйства тюрок являлись скотоводство и (в меньшей степени) земледелие; угорские племена жили за счет охоты, рыболовства, оленеводства. Русские воеводы в результате походов на север Зауралья в конце XV в. обложили пушным ясаком некоторые угорские владения и заставили их признать вассальную зависимость от Москвы.
В 1563 г. шейбанидский султан Кучум захватил власть в Искере и провозгласил себя сибирским ханом. Кучум и его среднеазиатский суверен — бухарский хан Абдулла II активизировали политику исламизации языческого населения Зауралья. С начала 70-х годов XVI в. отношения Сибирского ханства и Москвы стали резко ухудшаться. По распоряжению Кучума сибирские отряды начали совершать набеги на русские владения в Приуралье и Башкирии. В 1581 (или 1582) г. Кучум был разбит казачьим отрядом Ермака. Начался распад Сибирского ханства. Этот процесс лишь на какой-то момент был замедлен из-за гибели Ермака в 1585 г. Однако в результате успешных действий русских войск к концу XVI в. территория былого Сибирского ханства полностью вошла в состав Московского государства. Потомки Кучума постепенно признали верховенство русской власти. За ними оставили «царский» ранг и выплачивали специальное жалование. Угорские княжества почти сразу подчинились Ермаку и затем русскому царю. Традиционная структура управления в них была первоначально сохранена (у кодских хантов — до 1640 г, в других районах — до XIX в.).
Буряты. Монголоязычные предки бурят (баргуты, хоринцы и др.), жившие вокруг озера Байкал, в начале XIII в. были завоеваны Чингисханом и до середины ХIV в. входили в состав Монгольской империи. Ведущей отраслью хозяйства бурят было скотоводство — кочевое в Забайкалье, полукочевое, сочетавшееся с земледелием, охотой и рыболовством — в Прибайкалье. Социальной структуре бурят было присуще устойчивое сохранение родоплеменных устоев, деление на родовые улусы во главе с патриархальной знатью. Бурятским улусным предводителям выплачивали ясак зависимые племена (эвенки). Длительное время буряты являлись язычниками-шаманистами, в конце XVII в. к ним стал проникать буддизм (ламаизм), получивший широкое распространение у забайкальских бурят. Центрами ламаизма являлись буддийские обители — дацаны.
К середине XVII в. относится включение в состав России территории прибайкальских бурят, во второй половине XVII в. — бурят Забайкалья. К XVII—XVIII вв. в литературе относят складывание бурятской народности. Будучи подчинены власти царских воевод, с начала XVIII в. — Сибирского губернатора, буряты в целом сохранили значительную внутреннюю автономию. Они должны были платить ясак (вначале натурой, к концу XVIII в. — деньгами), нести службу по охране русских границ. Особое значение в жизни Забайкалья приобрела внутренняя и внешняя торговля с Монголией и Китаем через Кяхту. К 1760 г. кяхтинская торговля составляла 67% от общего оборота торговли России со странами Азии.
В литературе отмечается, что в 1741 г. указом императрицы Елизаветы Петровны буддизм был признан одной из государственных религий России, был также определен правовой статус лам (буддийских монахов) и обителей-дацанов. Буряты Прибайкалья к концу XVIII в. в значительной степени обратились в православие. При этом в среде новообращенных христиан и ламаистов сильнейшее влияние сохраняли старые бурятские шаманистские традиции и обычаи.