Башкиры проживали на Южном Урале. Их традиционными занятиями являлись скотоводство и охота, важную роль играло пчеловодство. Оказавшись в XIII в. под властью Золотой Орды, башкиры платили ханским наместникам ясак (подать скотом, пушниной и медом). В золотоордынское время продолжался процесс формирования башкирского этноса, который сложился из тюркских и тюркизируемых угорских племен. Еще в X в. началась мусульманизация башкир, однако окончательно ислам утвердился в башкирской среде лишь в XV—XVI вв. После распада Золотой Орды территория обитания башкир оказалась разделенной между Казанским и Сибирским ханствами и Ногайской Ордой. В 50—80-е годы XVI в. башкирские земли подпали под власть Москвы, их население должно было теперь платить ясак русским царям. Судя по всему, однако, оценки данного явления в Москве и на Южном Урале тогда заметно разнились. Башкиры воспринимали свою подчиненность русскому царю как своего рода военно-политический союз с сохранением своего вотчинного права на исконные земли и неприкосновенности привычных устоев жизни. Московские же власти видели в башкирах своих новых подданных, обязанных беспрекословно подчиняться царской воле.
Распространение российского помещичьего землевладения на башкирской территории, рост налогов и повинностей, насильственная христианизация, ущемление прав органов самоуправления башкир со стороны центральных и местных властей привели к массовым антирусским движениям коренного населения. Башкирские восстания 1662—1664,1681—1684,1704—1711, 1735—1740, 1755—1756 гг., выступление башкир в крестьянской войне под предводительством Е.И. Пугачева закончились поражением, однако царская администрация вынуждена была подтвердить вотчинное право башкир на землю, отказаться от планов их закрепощения и насильственной христианизации. Учреждением в 1788 г. в Уфе Духовного собрания (муфтията) мусульман России было признано право башкир жить по законам ислама. При этом в рамках имперской политики мусульманские духовные лица, действовавшие на башкирской территории, подбирались царскими администраторами из числа казанских татарских мулл. В 1798 г. в рамках военно-кантонной системы управления башкиры были причислены к военно-казачьему сословию.