Новые явления в социально-экономической, политической и культурной сферах не могли не затронуть православную церковь. В XVII в. усилились связи России с другими государствами. На русскую землю, прежде всего с Украины, начали проникать духовные книги, церковные обряды, противоречащие уже существующим. Разночтения в священных книгах, различия в обрядах, искажения в правилах проведения церковных служб подрывали авторитет церкви. К тому же образовательный и профессиональный уровень отечественных священников был крайне низок. Среди них процветали пьянство, разврат, стяжательство. В массовом сознании складывался крайне негативный образ церковных служителей. Они стали излюбленными персонажами сатирической литературы. Такие литературные произведения, как «Служба кабаку», «Калязинская челобитная», «О попе Саве», «Повесть о бражнике» изобличали пороки духовенства. Все это требовало унификации церковных правил, проведения глубокой церковной реформы.
В конце 1640-х гг. в Москве сложился кружок «ревнителей древнего благочестия». Он разрабатывал проекты церковных реформ. Среди членов кружка вскоре выявились разногласия. Некоторые деятели выступали за унификацию церковных книг по древнерусским образцам, другие считали, что за основу следует взять греческие каноны.
Церковную реформу начал патриарх Никон в 1653 г. Суть ее заключалась в унификации норм церковной жизни. Исправление обрядов богослужебных книг проходило по греческим образцам. Новые правила требовали от верующих креститься не двумя, а тремя пальцами, слово молитвы «аллилуйя» повторять не два, а три раза. Движение в храме во время службы священник стал проводить не по солнцу, а против него. Некоторые изменения коснулись одежды духовенства.
Против этих нововведений выступили сторонники прежних правил и приемов службы, называвшиеся старообрядцами, или раскольниками. Их лидером стал протопоп Аввакум. Они были прокляты церковным собором 1655 г. и подвергались гонениям и репрессиям. В числе старообрядцев оказались представители всех слоев общества. Многие из верующих стали связывать церковную реформу с изменениями в своем статусе и положении. Крестьяне были недовольны закрепощением, стрельцы — ликвидацией своих льгот, боярство — падением своей роли и своего авторитета в обществе и государстве, священники — необходимостью переучиваться. Многие верующие оказались просто неспособными воспринять новации. Они мешали им молиться. Таким образом, церковный раскол приобрел социальный характер.
Патриарх Никон, оказывавший огромное влияние на молодого царя и ставший фактически в 1652—1658 гг. его соправителем, стремился поставить церковную власть выше светской. Однако вскоре повзрослевший царь стал тяготиться тяжелым характером и неумеренными претензиями своего наставника. В 1658 г. Никон был подвергнут опале и отправлен в ссылку. Церковный собор 1666—1667 гг. окончательно лишил Никона патриаршества, признал царя главой светской, а патриарха — духовной власти.
Столкновение царя и патриарха способствовало укреплению государственной власти, положило начало подчинения ей православной церкви, что окончательно произошло в эпоху правления Петра I.