В 1584 г. умер Иван Грозный. Он оставил своим преемникам разоренную опричниной и Ливонской войной страну. Так, в Московском уезде под пашней было лишь 16% земли, остальная не обрабатывалась. В районе Новгорода и Пскова в обработке находилось лишь 7—8% земли.
После смерти Ивана IV царский трон перешел к его сыну, болезненному и малоумному Федору (1584—1598). В результате короткой, но ожесточенной борьбы регентство досталось Борису Федоровичу Годунову, брату жены нового царя Ирины. Он был умен, дальновиден, обладал государственными способностями. Годунов понимал, что страна разорена, устала от опричнины и террора. Он отказался от жестоких и кровавых методов и форм правления прежнего царствования, своих противников, избегая кровопролития, отправлял не на плаху, а в ссылку.
В годы регентства Годунова в России было учреждено патриаршество (1589 г.). При нем строились новые города (Архангельск, Тобольск, Воронеж, Уфа, Самара, Тюмень, Орел), воздвигались каменные крепости (Астрахань, Смоленск). Стремясь восстановить экономику, Годунов продолжил закрепощение крестьян. Он сохранил и расширил режим «заповедных лет», введенный еще в 1581 г., запрещавший крестьянам переход от одного владельца к другому в Юрьев день, указом 1597 г. об «урочных летах» ввел пятилетний срок сыска беглых крестьян. В области внешней политики было заключено перемирие с Польшей, выгодный мир со Швецией.
После смерти Федора Иоанновича, не оставившего после себя наследников, Земский собор избрал Годунова на царство (1598—1605). После воцарения он провел амнистию, снял недоимки по государственным налогам, стал заменять прямые налоги косвенными, предоставил льготы служилым и посадским людям, продолжил строительство новых городов на юге (Курск, Кромы, Елец, Белгород). «Царь Борис» пытался регламентировать крестьянские повинности в пользу господ, бороться со взяточничеством и пьянством. При нем началось сближение России с Западом.
Первые два года царствования Годунова были достаточно благополучны. Однако спокойствие и «процветание» носили внешний характер. За ними скрывались острые социальные противоречия. Боярство считало нового царя «выскочкой», было недовольно его «низким» происхождением, опалами, которыми он подвергал своих противников из среды знати. Крестьянство выступало против процесса закрепощения и усиления гнета. Казачество южных районов издревле стремилось к грабежам и разбоям. Духовенству не нравились усиливавшиеся контакты Годунова с «еретиками-латынянами». Социальная ситуация в стране резко обострилась из-за сильнейшего голода 1601—1603 гг., в результате которого по подсчетам современников вымерла треть населения страны. Крестьяне и беглые холопы, сбившись в шайки, стали представлять грозную опасность. В 1603 г. их отряды во главе с Хлопко подошли к Москве. Они были разбиты, но острота конфликта не сгладилась.
В этих условиях в Польше объявился самозванец, выдававший себя за «чудом спасшегося царевича Дмитрия». Последний — сын Ивана Грозного и Марии Нагой погиб в 1591 г. при невыясненных обстоятельствах. Виновником его гибели молва считала Годунова. Лжедмитрия I историки обычно отождествляют с беглым монахом Григорием Отрепьевым. Он получил поддержку ряда польских феодалов и осенью 1604 г. с небольшим отрядом перешел русскую границу. К нему стали примыкать казаки, часть служилых людей. Одерживая победы над правительственными войсками, Лжедмитрий I быстро продвигался к Москве. Положение осложнилось внезапной смертью Годунова в апреле 1605 г.