Иван Грозный умер в марте 1584 г. Ему наследовал младший сын от первой жены Федор (1584 - 1598 гг.), ведший полумонашеский образ жизни и «избывавший мирскую докуку», по словам современников.
Ко времени недолгого царствования Федора Иоанновича относится основание Воронежа. «...Марта в день ...по государеву и великого князя Федора Иоановича и всея Руси указу... на Дону, на Воронеже, не доезжая Богатово затону два днища велено поставить город Воронеж...». Это сохранившаяся выдержка из указа, в которой не называется точная дата основания Воронежа и которая помещена в распоряжении боярина Юрьева о реорганизации сторожевой службы на южной окраине России от 1 марта 1586 года. Поэтому официальной датой основания Воронежа принято считать именно эту дату. Город-крепость Воронеж был поставлен на правом крутом берегу реки примерно на том месте, где сейчас находится главный корпус Воронежского государственного университета.
В январе 1598 г. бездетный царь Федор умер, а с ним пресеклась династия Рюриковичей на московском престоле. Династический кризис в России стал формальной причиной событий Смутного времени.
В тот же год Земский собор под руководством патриарха Иова избрал на царство бывшего опричника Бориса Годунова. Этому способствовало то, что его сестра Ирина была женой царя Федора (он был шурин царя), а сам он был женат на Марии Скуратовой-Бельской, дочери главного палача Ивана Г розного Малюты Скуратова. Талантливый политический деятель, царь Борис не сумел обрести признания ни в глазах общества (из-за слухов о причастности его к гибели последнего сына Ивана Грозного - царевича Дмитрия в Угличе), ни в глазах знати, считавшей его худородным выскочкой.
Он вынужден был изыскивать средства для предотвращения последствий экономической разрухи страны после опричнины и Ливонской войны и выбрал путь усиления эксплуатации крестьян и их закрепощения (отмена «урочных лет» - срока сыска и возвращения беглых крестьян). Крестьянское хозяйство окончательно утрачивает свою устойчивость, что не преминуло сказаться в годы великого голода 1601—1603 годов, когда только в Москве умерли 127 тысяч человек. В разгар великого голода в Польше объявился самозванец, который выдавал себя за царевича Дмитрия, спасшегося чудесным образом. Правительство Бориса Годунова выдвинуло версию о том, что это был беглый холоп боярина Федора Никитича Романова — Григорий Отрепьев, есть и другие версии.
В августе 1604 г. Лжедмитрий I с отрядом в 4 тысячи человек, состоявшим из польских шляхтичей, русских дворян-эмигрантов, запорожских и донских казаков, перешел русскую границу и в обход Смоленска, где его поджидали царские воеводы, начало продвижение к Москве. Непосредственную помощь Лжедмитрию оказывал сандомирский воевода Ежи (Юрий) Мнишек, который выдал замуж за него дочь Марину, прельстившись обещанием Отрепьева отдать ему во владение Новгород и Псков.
В развитии политических событий решающую роль сыграла внезапная кончина Бориса Годунова 13 апреля 1605 г. У наследовавшего ему сына Федора не было ни таланта, ни опыта отца. Уже в мае 1605 г. воеводы, в том числе и любимец Бориса Годунова воевода Петр Басманов, признали самозванца законным царем. Их примеру последовала армия. После некоторых колебаний изменили Федору Борисовичу и московские бояре, отражавшие антигодуновские настроения столичного люда. Наследника Бориса Годунова царя Фёдора и его мать убили, оставив в живых лишь дочь Бориса — Ксению. Её ждала безотрадная участь наложницы самозванца.
20 июня 1605 г. состоялся торжественный въезд в Москву «царя и великого князя всея Руси» Дмитрия Ивановича, вдовствующая царица, жена Ивана Грозного Мария Нагая «признала» его своим сыном.
Однако Лжедмитрию I не пришлось поцарствовать даже и года.
17 мая 1606 г. в ходе восстания столичных низов, инспирированного московским боярством, Лжедмитрий I был убит, Марина Мнишек с отцом и шляхтичами выслана за границу.
Из московских служилых людей наскоро скроили Земский собор, на котором «выкликнули» царем ловкого интригана Василия Ивановича Шуйского.
С его воцарением начался второй период Смуты.
Вскоре после майского переворота 1606 г. в Москве в польских владениях Ежи Мнишека объявился новый Лжедмитрий. По легенде это был якобы спасшийся от разъяренной толпы москвичей прежний царь. Личность нового самозванца с достоверностью не установлена, предполагают, что это мог быть вяземский помещик Михаил Молчанов.
Под его крылом собрались довольно пестрые силы русских, недовольных политикой Шуйского. Здесь действовала своя Боярская дума, приказы, свой «нареченный патриарх» — ростовский митрополит Филарет (Ф.Н. Романов). Ударной силой самозванца были польские шляхтичи. Отряды Лисовского, Ружинского, Сапеги разбрелись по стране и мародерствовали.
Лжедмитрий II подошел к Москве и у деревни Тушино разбил свой укрепленный лагерь. Отсюда происходит его прозвище Тушинский вор. Объявились здесь Ежи Мнишек с дочерью Мариной, «признавшей» Лжедмитрия II своим мужем.
Успехи тушинцев заставили Шуйского в феврале 1609 заключить договор с враждебной Польше Швецией. Отдав шведам русскую крепость Корела, он получил военную помощь, и русско-шведская армия освободила от поляков ряд городов на севере страны. Это дало польскому королю Сигизмунду III повод к интервенции: осенью 1609 польские войска осадили Смоленск, дошли до Троице-Сергиева монастыря.
Опасаясь скопившейся в Тушинском стане казацкой вольницы, боярско-дворянская группировка тушинцев пошла на открытый союз с Сигизмундом III.
В январе 1610 г. русское посольство во главе с М.Г. Салтыковым отправилось под осажденный Смоленск к королю и 4 февраля заключило с ним соглашение о призвании на русский престол сына короля — Владислава.
17 июля 1610 г. дворяне во главе с Захарием Ляпуновым свергли Василия Шуйского, потребовали от него отречения от престола и вынудили его постричься в монахи.
С падением власти Василия Шуйского во главе страны встала Боярская дума — «князь Ф.И. Мстиславский со товарищи», прозванная «семибоярщиной». Своей целью бояре преследовали посадить на московский престол польского королевича Владислава с тем, чтобы избавиться от Тушинского вора и его притязаний, с одной стороны, и ликвидировать опасность «от холопей своих побитыми быти и в вечной работе у них мучитися», с другой. 27 августа 1610 г. столица России торжественно присягнула польскому королевичу Владиславу Жигимонтовичу. Сам 15-летний Владислав в Москву не приехал и в православие не перешел.
Третий период Смуты связан со стремлением преодолеть соглашательскую позицию Семибоярщины, не имевшей реальной власти и не сумевшей заставить Владислава выполнять условия договора, принимать православие.
С нарастанием с 1611 г. патриотических настроений усилились призывы к прекращению раздоров, восстановлению единства. Центром притяжения патриотических сил стали московский патриарх Гермоген, кн. Д.Т. Трубецкой. Сформировалось новое правительство - «Совет всея земли». Сформированному Первому ополчению освободить Москву не удалось, летом 1611 г. ополчение распалось. В это время полякам удалось после двухлетней осады овладеть Смоленском, шведам - взять Новгород.
Осенью 1611 г. по инициативе К. Минина и приглашенного им князя Д. Пожарского в Нижнем Новгороде было сформировано Второе ополчение. В конце июля 1612 г. ополчение двинулось к Москве и в августе уже стояло у стен столицы, 22 октября приступом был взят Китай-город, а 26 октября обессилившие от голода поляки сдались. Ополчение Минина и Пожарского и казаки Трубецкого под звон колоколов вступили в Москву.
В январе 1613 г. правительство Пожарского созвало Земской собор. Он длился почти два месяца. Земский собор единодушно избрал и торжественно провозгласил царем Михаила Федоровича Романова. 16 - летний царь казался фигурой нейтральной, не был склонен к своеволию, даже не очень-то и стремился занять трон. К тому же он приходился сыном митрополиту Филарету, а церковь на исходе Смуты играла роль одной из ведущих национальных сил страны.
События начала XVII в. в России правильнее всего оценивать как гражданскую воину, в ходе которой рождалось национальное самосознание. В муках рождалась новая Россия. Ее спасли тогда востребованные жестокой необходимостью национальные и религиозные связи.
После смерти Михаила Романова в 1645 году ему наследовал сын Алексей Михайлович, вошедший в историю под именем Тишайшего. Любитель соболиной охоты, он держал 100 тыс. голубей для кречетов. «Тишайший» самодержец и примерный семьянин был, однако же, сыном своей эпохи, в которой жестокость, грубость и самодурство представлялись естественными.
Еще в XVI в. ставился вопрос об исправлении многочисленных ошибок, вкравшихся в богослужебные книги при переводе, переписке и т. д. Встал вопрос, какие книги при исправлении брать за основу— древнерусские или греческие. В 1652 г. патриархом стал Никон, сторонник греческих образцов. Он опровергал распространенное на Руси мнение, будто греки потеряли благочестие с захватом Константинополя турками, лишившись царя православного.
Разногласия в обрядах, богослужебных текстам и правилах были, даже с позиции богословия, незначительны и случайны. Например, земные поклоны заменялись поясными, крестное знамение совершалось тремя, а не двумя перстами, хождения вокруг алтаря совершалось не по солнцу, а против солнца, литургия совершалась на пяти, а не семи просфорах и т.п. Часть ревнителей благочестия склонилась перед грозной властью, но многие с готовностью шли на любые мучения за сохранение старого ритуала. Начался раскол русской церкви.
Среди противников нововведений — старообрядцев - были как бояре, так и простые люди, для которых раскол явился формой социального протеста. Одним из лидеров раскольников стал протопоп Аввакум (в 1682 г. сожжен). Старообрядцы уходили от преследований в глухие районы, при приближении царских войск нередко сжигали себя.
В правление Алексея Михайловича резко возросла социальная напряженность, поэтому XVII в. иногда называют «бунташным» веком. Самым крупным социальным взрывом того времени стала крестьянская война под предводительством Степана Разина в 1667 - 1671 гг.
Во второй половине XVII в. произошло максимальное увеличение территории России — примерно в 3 раза: произошло воссоединение Украины с Россией; освоены территории Сибири и Дальнего Востока. Основным способом расширения территории на восток была деятельность путешественников-первопроходцев, которые "открывали" для России необжитые территории Сибири и Дальнего Востока, которые затем завоевывались или включались в состав России мирным путем как "вновь открытые земли" населенные аборигенами.
Значительное усиление России произошло после ее воссоединения с Украиной в 1653 — 1654 гг. Украинские земли избежали монголо-татарского ига, крепостного права и самодержавия, и около 400 лет находились в составе Великого княжества Литовского, затем — Речи Посполитой — польско-литовского государства.
В 1648 — 1654 гг. произошло народно-освободительное восстание под предводительством Богдана Хмельницкого, в результате которого территория Украины была освобождена от поляков и получила самоуправление. В 1653 г. Богданом Хмельницким и его соратниками было принято решение объединиться с Россией. Оно было оформлено решениями Земского собора 1653 г., Переяславской Рады 1654 г. и договором "Мартовские статьи". Впоследствии первоначальная автономия Украины была ликвидирована (окончательно - в 1775 г. при Екатерине II).